El sistema e-QHALI cuenta con los módulos de admisión, caja, triaje, médicina general, Cred inmunizaciones y referencias. El Registro Nacional de Historias Clínicas Electrónicas contiene una base de datos de afiliación de cada persona con la relación de los establecimientos de salud y de los servicios médicos de apoyo que le han brindado atención y de esta manera generar su historia clínica electrónica.

Es un sistema integrado bajo la plataforma web que simplificará el registro de datos recogidos en campo y en los establecimientos de salud y facilitará el trabajo de los profesionales de la salud que se encargan de vincular y monitorear el estado de salud de una persona, además de permitir la geolocalización de espacios de socialización de las poblaciones clave, visualización de tamizajes, búsqueda del paciente con DNI en sincronización con el Reniec.